The application of modified PCR method for streptoccocis diagnose. By: Hessy Novita, Lila Gardeni... more The application of modified PCR method for streptoccocis diagnose. By: Hessy Novita, Lila Gardenia, Isti Koesharyani, Hambali Supriyadi, and Yani Aryati Bacterial diseases has become an important diseases that have to be faced by aquaculturist. Even though unlike parasites, viral and bacterial diseases have caused fish farmers suffered great losses. The aim of the research was to develop a rapid detection method for bacterial disease especially for detecting Streptococcus iniae. The research was done in several steps which were (1) Biochemical characterization (2) PCR assay using universal primer for S. iniae 16S rRNA and specific primer LOX1 and LOX-2. The results showed that based on biochemical characterization, the isolate was belonged to S. iniae. PCR assay of isolate collected from the Research Institute for Freshwater Aquaculture (RIFA) Bogor and isolate from the Research Laboratory for Fish Health (RLFH) with 16S rRNA were positive. However, RIFA isolate was negative and RLF...
KEMAMPUAN SUPEROVULASI PADA Petaurus breviceps papuanus
Abstrak : Superovulasi merupakan tahap penting dalam teknik fertilisasi in vitro. Superovulasi pa... more Abstrak : Superovulasi merupakan tahap penting dalam teknik fertilisasi in vitro. Superovulasi pada sugar glider (Petaurus breviceps papuanus) belum pernah dilakukan, oleh karma itu dilakukan penelitian untuk mengkaji kemampuan sugar glider dalam melakukan superovulasi. Kemampuan superovulasi hewan tersebut dikaji dalam dua tahap, yaitu (i) dengan hormon PMSG (Pregnant Mare's Serum Gonadotrophin) saja, dan (ii) kombinasi hormon PMSG dan LH (Luteinizing Hormone). Pada penelitian (i), PMSG disuntikkan secara intraperitoneal dengan dosis 5 IU dan 7,5 lU, sedangkan kelompok kontrol diberi NaCl 0,9% steril, kemudian hewan uji disatu-kandangkan dengan hewan jantan. Enam hari kemudian hewan dibunuh dan dibedah. Pengamatan dilakukan terhadap: jumlah embrio, jumlah korpus luteum, jumlah folikel antral besar, berat ovarium dan berat uterus dengan oviduk serta konsentrasi LH dan estradiol (Metoda RIA). Hasil penelitian percobaan (i) menunjukkan bahwa perlakuan PMSG saja tidak dapat merangs...
Identification of giant gourami iridovirus (GGIV): a new infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV) from natural outbreak in cultured Osphronemus goramy
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efikasi vaksin “trivalen” merupakan kombinasi dari tiga... more Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efikasi vaksin “trivalen” merupakan kombinasi dari tiga jenis antigen bakteri, yaitu: Aeromonas hydrophila-AHL0905-2, Streptococcus agalactiae-N14G, dan Mycobacterium fortuitum-31 untuk pencegahan penyakit bakteri potensial pada budidaya ikan air tawar. Ikan uji menggunakan ikan lele, nila, dan gurami; di mana masing-masing jenis ikan tersebut merupakan representasi dari jenis ikan yang rentan terhadap infeksi bakteri Aeromonas hydrophila, Streptococcus agalactiae, dan Mycobacterium fortuitum. Perlakuan yang diterapkan adalah formulasi sediaan vaksin kombinasi “trivalen”, dengan komposisi sebagai berikut: (A) formulasi proporsional yang mengandung ketiga jenis antigen dengan perbandingan 1:1:1 (v/v), (B) formulasi non-proporsional yang mengandung ketiga jenis antigen dengan perbadingan 1:3:3 (v/v), dan (C) tanpa pemberian vaksin sebagai kontrol. Vaksinasi diberikan melalui perendaman dalam larutan vaksin “trivalen” pada konsentrasi bakteri 1...
Ikan nila atau Oreochromis niloticus merupakan ikan konsumsi masyarakat di Indonesia. Kasus kemat... more Ikan nila atau Oreochromis niloticus merupakan ikan konsumsi masyarakat di Indonesia. Kasus kematian massal ikan nila terjadi di beberapa lokasi budaya di Jawa, Lombok, dan Sumatera yang disebabkan oleh infeksi Orthomyxovirus, dan disebut sebagai Tilapia Lake Virus (TiLV). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi adanya infeksi TiLV dengan metode semi-nested Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) pada kasus kematian massal ikan nila. Lokasi pengambilan sampel di Desa Sigerongan Kecamatan Lingsar, Lombok, Nusa Tenggara Barat. Analisis deteksi RT-PCR menggunakan sampel organ otak, ginjal, limpa, dan hati, selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil pengamatan terhadap gejala klinis terhadap ikan nila moribund terlihat kondisi mata yang buram/katarak, serta cekung, abrasi kulit, serta perubahan warna tubuh menjadi lebih gelap. Hasil analisis RT-PCR menunjukkan bahwa kejadian kematian massal pada ikan nila suspektif diakibatkan oleh infeksi RNA virus TiLV. Analisis se...
Koi Herpes Virus (KHV) di Indonesia sejak tahun 2002 merupakan penyakit mematikan yang menyerang ... more Koi Herpes Virus (KHV) di Indonesia sejak tahun 2002 merupakan penyakit mematikan yang menyerang ikan koi Cyprinus carpio koi dan ikan mas Cyprinus carpio carpio, dan sampai saat ini, infeksi KHV dilaporkan sudah menyebar hampir di seluruh dunia. Untuk mengetahui adanya infeksi KHV perlu cara diagnosa yang sangat akurat/sensitif, sehingga keberadaan KHV dapat diketahui secara pasti dengan tingkat sensitivitas yang lebih baik pada ikan budidaya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan teknik deteksi dengan real time quantitative polymerase chain reaction (RT- qPCR/qPCR) guna mengetahui adanya infeksi KHV secara kuantitatif pada ikan mas dengan mengetahui kandungan virus (viral load). Sebanyak masing-masing 3 ekor sampel diperoleh dari sentra budidaya ikan mas di Cirata-Jawa Barat, Maninjau-Sumatera Barat, dan Banjarmasin-Kalimantan Selatan. Sampel-sampel tersebut selanjutnya dianalisa keberadaan KHV-nya dengan RT-qPCR menggunakan SYBR Green. Hasil pengujian menunjukka...
Bakteri merupakan salah satu penyebab penyakit pada ikan selain parasit dan virus. Walaupun tidak... more Bakteri merupakan salah satu penyebab penyakit pada ikan selain parasit dan virus. Walaupun tidak menimbulkan kematian massal namun keberadaan penyakit bakterial sangat merugikan kegiatan budidaya ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh metode aplikasi yang mudah dan cepat untuk mendiagnosa penyakit bakterial khususnya yang disebabkan oleh infeksi Streptococcus iniae. Penelitian ini telah dilaksanakan melalui beberapa tahapan yaitu: (1) Karakterisasi biokimia S. iniae. (2) Uji PCR menggunakan primer universal 16S rRNA dan primer spesifik LOX-1 dan LOX-2 S. iniae. Hasil riset menunjukkan bahwa isolat dari Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar (BRPBAT), Bogor dan isolat dari Laboratorium Riset Kesehatan Ikan (LRKI), Jakarta hasil uji PCR dengan 16S rRNA adalah positif sedangkan dengan primer LOX-1 dan LOX-2 hasilnya negatif untuk isolat S. iniae BRPBAT dan positif untuk isolat LRKI. Dengan uji PCR, diagnosa penyakit bakteri lebih cepat, spesifik, dan sensitif serta lebi...
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuat kultur sel primer dari sirip ekor ikan mas (Cypri... more Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuat kultur sel primer dari sirip ekor ikan mas (Cyprinus carpio) dan diberi nama common carp tail (CCT). Explant ditumbuhkan dalam cawan kultur (culture flask) ukuran 25 cm2 yang berisi media Leibovitz’s L-15 dengan penambahan serum 20%, Penicillin 250 IU, Streptomycin 250 µg/mL, Kanamycin Sulfate 250 µg/mL dan L-Glutamin 2 mM, serta diinkubasi pada suhu 28oC. Perbedaan perlakuan berupa waktu pergantian media dan konsentrasi media dilakukan untuk mendapatkan kultur sel primer. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa explant menunjukkan pertumbuhan sel setelah diinkubasi selama 24 jam. Pembentukan sel selapis (monolayer) mulai terlihat pada hari ke-4. Pasase pertama dilakukan pada hari ke-21 saat konfluensi mencapai 65%. Pasase selanjutnya dilakukan setiap 3 minggu di mana konfluensi mencapai 70%-80%. CCT terdiri atas sel berbentuk fibroblas dan epitel, dan berhasil dipasase sebanyak 12 kali selama lebih 2 tahun pemeliharaan.The objectives of th...
Pada budidaya udang introduksi Litopenaeus vannamei, virus merupakan penyakit yang memberi dampak... more Pada budidaya udang introduksi Litopenaeus vannamei, virus merupakan penyakit yang memberi dampak cukup merugikan dan menimbulkan kematian massal budidaya udang vaname. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran adanya infeksi virus di beberapa daerah budidaya udang L. vannamei, di Jawa Timur (Bangil, Banyuwangi, Situbondo), Bali, dan Jawa Barat (Karawang dan Mauk-Tangerang). Jenis virus yang dianalisis adalah Taura Syndrome (TSV), Infectious Myonecrosis (IMNV), dan Penaeus vannamei Nervous Virus (PvNV) dan merupakan golongan RNA virus. Sebanyak 5-10 ekor sampel diambil dari setiap daerah secara individu berupa jaringan insang, pleopod, dan daging, disimpan dalam RNAlater. Selanjutnya sampel sampel tersebut dianalisis di Laboratorium Kesehatan Ikan, Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan Budidaya, Jakarta. Metode analisis menggunakan Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction (RTPCR) dengan spesifik primer: TSV (230 bp), IMNV-1 (600 bp), PvNV-1 (339 bp). Hasil a...
Penelitian ini dilakukan karena adanya masalah yang dihadapi seperti pertumbuhan udang yang tidak... more Penelitian ini dilakukan karena adanya masalah yang dihadapi seperti pertumbuhan udang yang tidak seragam (ukuran bervariasi), penampakan klinis yang abnormal dan organ yang tidak sempurna. Gejala tersebut akibat dari infeksi penyakit yang disebabkan oleh virus. Untuk mengetahui jenis virus yang menyerang udang tersebut, maka dilakukan analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Reverse TranscriptasePolymerase Chain Reaction (RT-PCR) menggunakan berbagai jenis spesifik primer WSSV, IHHNV, MBV, TSV, IMNV, dan PvNV. Sampel udang yang secara visual normal dan abnormal diambil lalu disimpan dalam larutan pengawet 90% Ethanol dan RNAlater kemudian dianalisis di laboratorium dengan metode yang sudah dikembangkan oleh Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan Budidaya. Hasilnya menunjukkan bahwa udang yang tumbuh lambat dan mempunyai rostrum bengkok dan warna otot daging memutih ternyata tidak hanya diserang oleh satu virus namun dua virus IHHNV dan IMNV. Hasil penelitian ini juga mengi...
Streptococcus sp. menyebabkan wabah penyakit dan menimbulkan kematian massal pada beberapa jenis ... more Streptococcus sp. menyebabkan wabah penyakit dan menimbulkan kematian massal pada beberapa jenis ikan di seluruh dunia dengan angka kerugian yang ditimbulkannya berkisar 150 juta US$ per tahun. Streptococcus agalactiae merupakan salah satu bakteri penyebab Streptococcocis pada ikan nila (Oreochromis niloticus). Saat ini diagnosa agen penyebab penyakit bakteri tersebut dapat dilakukan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan pasangan primer spesifik (Sdi252Sdi61), namun pada umumnya ekstraksi dilakukan melalui proses mengisolasi bakteri dari organ terinfeksi, menumbuhkan pada media agar, pemurnian isolat dan terakhir isolasi DNA. Sedangkan isolasi DNA bakteri langsung dari organ yang terinfeksi dapat mempersingkat waktu diagnosa agen penyakit tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh metode ekstraksi yang dapat mengisolasi DNA bakteri secara langsung dari organ ikan yang terinfeksi (otak, hati, limfa, dan ginjal). Metode yang digunakan adalah pemanasan,...
Streptococcosis is one of bacterial diseases in the culture of Tilapia, Oreochromis niloticus and... more Streptococcosis is one of bacterial diseases in the culture of Tilapia, Oreochromis niloticus and has caused significant economic losses. Streptococcus iniae, is known as pathogen to marine and freshwater fishes whereas Streptococcus agalactiae is known as pathogen to Tilapia. The isolation and characterization of four isolates of S. agalactiae, were described from an infected Tilapia from Cirata Reservoir, West Java, in July 2008. Conventional and rapid identification systems were used to determine isolates of S. agalactiae from brain and kidney tissues. In this paper, we have characterized S. agalactiae and this was the first isolation of this bacteria from fish. The isolates were gram positive, catalase-negative, oxidase-negative, haemolytic cocci colonies on blood agar. All of the of isolates were biochemically characterized with the API 20 Strep System (bioMerieux). Bacterial chromosomal DNA used in PCR assay was extracted by heating method. The forward primer is Sdi 61: 5’-A...
Budidaya udang Penaeus monodon dan Litopenaeus vannamei di Indonesia merupakan komoditas primadon... more Budidaya udang Penaeus monodon dan Litopenaeus vannamei di Indonesia merupakan komoditas primadona untuk ekspor dan merupakan salah satu spesies unggulan dalam program budidaya pada Kementerian Kelautan dan Perikanan. Kendala pada budidaya udang tersebut adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus, terutama white spot syndrome virus (WSSV) dan infectiuos myonecrosis virus (IMNV). Deteksi secara molekuler yang berbasis DNA merupakan metode deteksi sangat akurat dan tepat. Saat ini sudah ada metode deteksi PCR sederhana yang dapat diaplikasi langsung di lapangan, yaitu dengan menggunakan alat Portable Polymerase Chain Reaction Pockit (iiPCR). Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan deteksi cepat WSSV dan IMNV pada udang P. monodon dan L. vannamei dengan menggunakan portabel-PCR. Aplikasi deteksi ini diujicobakan pada sampel udang yang diawetkan dan sudah diketahui kondisinya. Hasil analisis memperlihatkan hasil yang sesuai dengan hasil analisis sebelumnya dengan menggunaka...
Mass mortality of giant freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii de Man) in grow-out farmers o... more Mass mortality of giant freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii de Man) in grow-out farmers occurred in early February 2012 at Instalation Coastal of Aquaculture Samas, Bantul, D.I. Yogyakarta. The clinical sign of shrimp was whitish coloration on abdominal and tail muscle. The sympton was the same as in other cases of mortality caused by prawn Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) and Extra Small Virus (XSV). Prawn samples were diagnosed by standard protocols Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using specific primers and histopathology analysis. The result showed that all samples indicated positive 13/15 the MrNV and 5/15 positive XSV, and there were 4/15 positive samples both (MrNV and XSV). Analysis of histopathology showed that damaged muscle was indicated by the presentation of necrotic tissues with nuclear pyknosis or degeneration of muscle in infected tissues. Based on diagnosis by RT-PCR and histopathological, mass mortality of the giant freshwa...
Primary cell culture from tail epidermal tissue of koi carp (Cyprinus carpio koi) was developed. ... more Primary cell culture from tail epidermal tissue of koi carp (Cyprinus carpio koi) was developed. Cells were grown in Leibovits-15 medium supplemented with 20% fetal bovine serum and antibiotics (Penicillin/Streptomycin and Kanamycin). Cell growth was observed in a range of incubation temperature (17oC±2oC, 22oC±2oC, 27oC±2oC, and 32oC±2oC) in order to determine the optimum temperature. The cells were able to grow at a range of temperature between 17oC to 32oC with optimal growth at 22oC. Primary cells infected with koi herpes virus produced typical cytopathic effects characterized by severe vacuolation and deformation of nuclei, which is consistent with those of previous reports. Artificial injection experiment by using supernatant koi herpes virus SKBM-1 isolate revealed that it could cause 90% mortality in infected fish within two weeks. PCR test with Sph I-5 specific primers carried out with DNA template from supernatant virus, pellet cell, and gills of infected fish showed posit...
Uploads
Papers by Lila Gardenia