Academia.eduAcademia.edu

Outline

Title
Abstract
References
All Topics
Biology
Virology

Use of genome editing methods to gain viral immunity in crops

Profile image of Veronika BukvičVeronika Bukvič

2020

Abstract

Čeprav so rastlinski virusi pomemben del ekosistema, povzročajo izgubo pridelka in škodujejo kmetijskim rastlinam, ki so ključnega pomena za preživetje ljudi in živali. S klasičnimi in novejšimi metodami pridobivamo izboljšane lastnosti rastlin in spoznavamo mehanizme interakcij med gostiteljem in virusom. Z razvojem tehnik genomskega preurejanja kot je CRISPR/Cas sistem, so se odprle možnosti poseganja v genom in še boljšega razumevanja funkcij določenih genov in molekul. Namen dela je povzeti možnosti aplikacij CRISPR/Cas sistema za pridobitev odpornosti na DNA in RNA viruse v kmetijskih rastlinah. Rezultati študij kažejo, da je ta tehnika natančna in uspešna pri pridobitvi odpornosti na viruse kmetijskih rastlin kot so paradižnik, krompir, pšenica, ječmen, manioka, bananovec in pesa. Analize so pokazale, da stopnja odpornosti na viruse korelira s stopnjo izražanja sgRNA molekule in Cas proteina. Optimizacija postopkov je ključna za uspešen vnos CRISPR/Cas sistema in učinkovitost ...

Related papers

Preparation of teaching materials for fermentation of boza experiment – beverage made from cereal grains
Ines Ursnik

2018

Ob zaključnem pisanju magistrske naloge se najlepše zahvaljujem svojemu mentorju, prof. dr. Marku Kreftu, za vso pomoč, hitro odzivnost, strokovne nasvete in spodbudne besede, ki so pripomogle h končanju te magistrske naloge. Prav tako bi se rada zahvalila somentorju, prof. dr. Damjanu Janešu, za vso pomoč pri delu. Velika zahvala velja tudi družini, ki me je podpirala in mi ob težkih trenutkih stala ob strani. Hvala tudi fantu, prijateljem, sošolkam in sošolcu, ki so verjeli vame; brez vaše pomoči mi nebi uspelo. Hvala! II POVZETEK Boza je gosta pijača kiselkastega okusa. Okus vahko variira zaradi količine dodanega sladkorja, vrste žita, mikroorganizmov in dolžine fermentacije. Značilna je za Albanijo, Bolgarijo, Romunijo, Turčijo in druge balkanske države. V Turčiji se pije toplo pripravljena boza predvsem v zimskem času, saj segreje telo, zaradi česar naj bi pomagala proti sezonskim okužbam dihal. V Romuniji pijejo ohlajeno, osvežilno bozo predvsem v poletnih mesecih. Zaradi vsebnosti vitaminov A, C, E in štirih vrst vitamina B, je dragoceno hranilo telesno dejavnih ljudi. Še posebej primerna je za vegetarijance in vegane, saj je v celoti rastlinskega izvora in je dober vir vitaminov in dober nadomestek mlečnih napitkov. V magistrski nalogi smo spremljali spremembo pH zmesi za bozo, pripravljene iz moke in bakterij, z namenom ugotoviti, kako hitro se pH v omenjeni zmesi niža. Ugotovili smo, da nižanje pH v zmeseh iz različnih mok in ob dodatku različnih bakterij ni enako hitro. Prav tako smo ugotovili, da se pH po 48 urah po dodanih bakterijah v zmes razlikuje glede na dodane bakterije. Izvedli smo tudi titracijo zmesi za bozo z namenom določiti količino nastale kisline med procesom fermentacije. Ugotovili smo, da za zmesi iz škroba od dodatku katerihkoli bakterij ni potrebno veliko baze za nevtralizacijo kisline, ki je nastala med procesom fermentacije. Zanimala nas je tudi rast bakterij v vzorcu, ki smo jo ocenili s pomočjo plošč Petrifilm ®. Ugotovili smo, kakšno rastno krivuljo imajo bakterije iz kisle smetane v proseni moki. S plinsko kromatografijo in masno spektrometrijo smo kvalitativno in kvantitativno določili lahkohlapne snovi v vzorcih boze v različnih časih po dodatku bakterij v zmes, z namenom ugotoviti, ali in kako se te lahkohlapne snovi med fermentacijo spreminjajo. Ugotovili smo, da se vsebnost nekaterih analiziranih spojin med fermentacijo značilno spreminja. Nazadnje smo v učnem načrtu za osnovne šole pregledali cilje, ki se nanašajo na našo temo in jih analizirali, da bi ugotovili, kako so te teme zastopane v potrjenih učbenikih. Na osnovi našega raziskovalnega dela smo razvili dva delovna lista za učence, kot alternativo dosedaj opisanim poskusom (t.j. kisanje mleka) s področja fermentacije.

View PDFchevron_right
Pestrost posebnih gozdnih ekosistemov kot kazalnik rastiščnih razmer in gospodarjenja: zaključno poročilo projekta št. V4-0438-01
Primoz Simoncic

2004

View PDFchevron_right
Protiglivna in protibakterijska učinkovitost eteričnega olja vrtne materine dušice (Thymus vulgaris) : diplomsko delo
Andrej Anderlič

A. Anderlič, 2012

Diplomsko delo je zaključek univerzitetnega študija Biologije. Delo je bilo opravljeno v laboratoriju Katedre za botaniko in fiziologijo rastlin na Oddelku za biologijo ter v laboratoriju Katedre za aplikativno botaniko, ekologijo, fiziologijo rastlin in informatiko na Oddelku za agronomijo Biotehniške fakultete v Ljubljani. Komisija za dodiplomski študij je za mentorico diplomskega dela imenovala doc. dr. Jasno Dolenc Koce, za somentorico asist. dr. Sabino Anţlovar in za recenzentko prof. dr. Deo Baričevič.

View PDFchevron_right
Terenski priročnik za prepoznavanje tujerodnih vrst v gozdovih
Lado Kutnar

2021

View PDFchevron_right
Vpliv listnih ekstraktov dresnikov na rast endofitskih gliv
Kaja Belko Parkel

Collectanea studentium physiologiae plantarum, 2018

• Namen: Želele smo ugotoviti vpliv etanolnih ekstraktov posameznih dresnikov (japonski, češki in sahalinski dresnik) na rast endofitskih gliv Botrytis cinerea, Fusarium oxysporum in Alternaria alternata. Pričakovale smo inhibicijo rasti, saj so rastline rodu Fallopia znane kot invazivne vrste. Kot take bi namreč lahko z zaviranjem rasti endofitskih gliv avtohtonih rastlin vplivale na njihovo rast in si tako zagotovile prednost.

View PDFchevron_right
Identification of forest reproductive material origin of European beech using molecular methods
Hojka Kraigher

2017

Od kakovosti in izvora gozdnega reprodukcijskega materiala (GRM) bodo odvisni genetska pestrost, struktura, preživetje in uspevanje sadik ter končno uspevanje in odpornost bodočega gozda. Zato mora Gozdarski inštitut Slovenije (GIS) na podlagi javnega pooblastila po Zakonu o gozdovih in zahtev zakonodaje o GRM preveriti njegov izvor pred izdajo glavnega spričevala ali na zahtevo inšpektorata kadarkoli v času trženja in uporabe. Uporaba molekularnih metod pripomore k vedenju o izvoru in genetski kakovosti GRM. GIS kontinuirano razvija znanje, infrastrukturo, gensko banko in molekularne baze podatkov za izvajanje opisanih testov. Zaradi suma o (načrtno) napačni navedbi izvora GRM, nabranega jeseni 2016 iz vsaj enega semenskega objekta, smo v predstavljeni študiji analizirali izvor in genetsko pestrost GRM iz štirih semenskih objektov bukve (Fagus sylvatica L.), v katerih je bilo seme nabrano v istem letu, ter drugih vzorcev iz Slovenske gozdne genske banke, skupaj petnajst. Za analize smo uporabili jedrne mikrosatelite, šestnajst lokusov, ki jih na GIS uporabljamo rutinsko. S tehničnega vidika so se izbrani markerji izkazali za primerne za identifikacijo posameznikov, oceno genetske pestrosti in identifikacijo domnevnega izvora. Zaradi možnosti mešanja vzorcev, pridobljenih s tal, in tehničnih potreb bomo v prihodnosti za potrebe rekonstrukcije genotipa semenskega drevesa analizirali vsaj dvanajst semen na drevo. Genetska pestrost manjših vzorcev je bila značilno manjša od tiste v velikih vzorcih. Opozarjamo, da je GRM nujno treba nabirati najmanj z v odobritvi semenskega objekta predpisanega števila dreves, da zagotovimo ustrezno veliko genetsko pestrost GRM, ki ga sadimo v gozdove. Metode razvrščanja posameznikov na podlagi Bayesove verjetnosti in filogenetska drevesa so pravilno določili izvor referenčnih vzorcev, medtem ko je bila resolucija analize glavnih komponent manjša. Vse metode, uporabljene za identifikacijo domnevnega izvora vzorcev semena, so nedvoumno pokazale, da vzorec TURs ni bil nabran v sestoju TUR, različen je tudi od preostalega analiziranega genofonda bukve v Sloveniji. V predstavljenem primeru so se uporabljene metode molekularne identifikacije izvora GRM izkazale kot potrebne za preprečitev vnosa neprimernega GRM v slovenske gozdove.

View PDFchevron_right
Vulnerability of the Slovenian food system in connection with the war in Ukraine
tanja travnikar

Journal of Central European Agriculture

The Russian-Ukrainian war brings many economic and social challenges. Among other, it causes turmoil in the global energy and food markets, affects the functioning of global food systems and threatens food security. Ukraine and Russia are important global exporters of cereals, oilseeds, fossil fuels, and mineral fertilizers. The war disrupts the flow of these goods to the world market, which has greatly increased their prices and in some countries caused food shortages. The purpose of this paper is to investigate the impact of the war on food chains in Slovenia. For this purpose, the self-sufficiency in cereals, the agri-food trade between Slovenia and the two countries at war, and the prices of some agricultural commodities and inputs were analysed. The results show that the import of agri-food products from Ukraine and Russia to Slovenia is not significant, but the negative effects of the war are felt nevertheless. These are shown mainly through the rising prices of production inputs, as well as uncertain political and economic developments, which affect stakeholders along the entire food chains. Due to various factors, the world prices of agricultural inputs and commodities were already at a very high level even before the Russian invasion, and additional pressure on prices was caused by the outbreak of war. The European Union, which is Slovenia's main trading partner, covers domestic needs for most agricultural products through production, so there is no threat of food shortages. Nevertheless, food affordability remains a major concern due to high market prices and inflationary trends.

View PDFchevron_right
Vpliv klimatskih sprememb na gozdne ekosisteme : zaključno poročilo o rezultatih opravljenega raziskovalnega dela na projektu v okviru ciljnega raziskovalnega programa (CRP)"Konkurenčnost Slovenije 2001-2006
Primoz Simoncic

2006

View PDFchevron_right
Protiglivna in protibakterijska učinkovitost eteričnega olja vrtne materine dušice (Thymus vulgaris)
Andrej Anderlič

2014

Diplomsko delo je zaključek univerzitetnega študija Biologije. Delo je bilo opravljeno v laboratoriju Katedre za botaniko in fiziologijo rastlin na Oddelku za biologijo ter v laboratoriju Katedre za aplikativno botaniko, ekologijo, fiziologijo rastlin in informatiko na Oddelku za agronomijo Biotehniške fakultete v Ljubljani. Komisija za dodiplomski študij je za mentorico diplomskega dela imenovala doc. dr. Jasno Dolenc Koce, za somentorico asist. dr. Sabino Anţlovar in za recenzentko prof. dr. Deo Baričevič.

View PDFchevron_right
Klimatske spremembe in gozd
Hojka Kraigher

2019

28 analiza odviSnoSti parametrov branik od dnevnih klimatSkih podatkov z uporabo funkcije daily_reSponSe() iz r paketa dendrotoolS Jernej JEVŠENAK 31 obračunavanje emiSij v gozdovih po letu 2020 Boštjan MALI, Jernej JEVŠENAK 36 poznavanje genetike in biologije dreveSnih vrSt je pomembno za izvajanje obnove v gozdovih

View PDFchevron_right

References (67)

  1. VIRI Abudayyeh O. O., Gootenberg J. S., Essletzbichler P., Han S., Joung J., Belanto J. J., Verdine V., Cox D. B. T., Kellner M. J., Regev A., Lander E. S., Voytas D. F., Ting A. Y., Zhang F. 2017. RNA targeting with CRISPR-Cas13. Nature, 550, 7675: 280-284
  2. Agrios G. N. 1988. Plant pathology. 3rd ed. San Diego, Academic Press: 845 str.
  3. Ali Z., Abulfaraj A., Idris A., Ali S., Tashkandi M., Mahfouz M. M. 2015. CRISPR/Cas9- mediated viral interference in plants. Genome Biology, 16, 238, doi: 10.1186/s13059-015- 0799-6: 11 str.
  4. Aman R., Mahas A., Butt H., Ali Z., Aljedaani F., Mahfouz M. 2018. Engineering RNA virus interference via the CRISPR/Cas13 machinery in Arabidopsis. Viruses, 10, 12, 732, doi: 10.3390/v10120732: 9 str.
  5. Andersson M., Turesson H., Olsson N., Fält A. S., Ohlsson P., Gonzalez M. N., Samuelsson M., Hofvander P. 2018. Genome editing in potato via CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein delivery. Physiologia Plantarum, 164, 4: 378-384
  6. Baltes N. J., Hummel A. W., Konecna E., Cegan R., Bruns A. N., Bisaro D. M., Voytas D. F. 2015. Conferring resistance to geminiviruses with the CRISPR-Cas prokaryotic immune system. Nature Plants, 1, 15145, doi: 10.1038/nplants.2015.145: 4 str.
  7. Bernardo P., Charles-Dominique T., Barakat M., Ortet P., Fernandez E., Filloux D., Hartnady P., Rebelo T. A., Cousins S. R., Mesleard F., Cohez D., Yavercovski N., Varsani A., Harkins G. W., Peterschmitt M., Malmstrom C. M., Martin D. P., Roumagnac P. 2018. Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale. The ISME Journal, 12, 1: 173-184
  8. Brault V., Uzest M., Monsion B., Jacquot E., Blanc S. 2010. Aphids as transport devices for plant viruses. Virology, 333, 6-7: 524-538
  9. Burgyán J., Havelda Z. 2011. Viral suppressors of RNA silencing. Trends in Plant Science, 16, 5: 265-272
  10. Chandrasekaran J., Brumin M., Wolf D., Leibman D., Klap C., Pearlsman M., Sherman A., Arazi T., Gal-On A. 2016. Development of broad virus resistance in nontransgenic cucumber using CRISPR/Cas9 technology, Molecular Plant Pathology, 17, 7: 1140-1153
  11. Bukvič, V. Uporaba metod preurejanja genoma za pridobitev odpornosti na viruse pri kmet. rastlinah Dipl. delo (UN). Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Študij biotehnologije, 2020
  12. Cheng H., Yang H., Zhang D., Gai J., Yu D. 2010. Polymorphisms of soybean isoflavone synthase and flavanone 3-hydroxylase genes are associated with soybean mosaic virus resistance. Molecular Breeding, 25, 1: 13-24
  13. Choudhary N., Kumari P., Panda S. 2020. Chapter 14 -RNA plant viruses: biochemistri, replication and molecular genetics. V: Applied plant virology. 1st ed. Awasthi L. P. (ur.). Academic Press: 183-195
  14. Csorba T., Pantaleo V., Burgyán J. 2009. RNA silencing: an antiviral mechanism. Advances in Virus Research. 75: 35-71
  15. Das A., Sharma N., Prasad M. 2019. CRISPR/Cas9: a novel weapon in the arsenal to combat plant diseases. Frontiers in Plant Science, 9, 2008, doi: 10.3389/fpls.2018.02008: 8 str.
  16. Do Céu Teixeira M., Santini A., Souto E. B. 2017. Chapter 8 -Delivery of antimicrobials by chitosan-composed therapeutic nanostructures. V: Nanostructures for antimicrobial therapy. Ficai A., Grumezescu A. M. (ur.). Elsevier: 203-222
  17. Fuchs M., Moffer P., Caranta C. 2008. Plant resistance to viruses: Engineered resistance. V: Encyclopedia of virology. 3rd ed. Mahy B. W. J., Van Regenmortel H. V (ur.). Academic Press: 156-164
  18. Gomez M.A., Lin D., Moll T., Chauhan R. D., Hayden L., Renninger K., Beyene G., Taylor N. J., Carrington J. C., Staskawicz B. J., Bart R. S. 2018. Simultaneous CRISPR/Cas9-mediated editing of cassava eIF4E isoforms nCBP-1 and nCBP-2 reduces cassava brown streak disease symptom severity and incidence. Plant Biotechnology Journal, 17, 2: 421-434
  19. Gootenberg J. S., Abudayyeh O. O., Lee J. W., Essletzbichler P., Dy A. J., Joung J., Verdine V., Donghia N., Daringer N. M., Freije C. A., Myhrvold C., Bhattacharyya R. P., Livny J., Regev A., Koonin E. V., Hung D. T., Sabeti P. C., Collins J. J., Zhang F. 2017. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science, 356, 6336: 438-442
  20. Hamada M., Sakilich A. L., Koduru S. B., Maraia R. J. 2000. Transcription termination by RNA polymerase III in fission yeast. A genetic and biochemically tractable model system. Journal of Biological Chemistry, 275: 29076-29081
  21. Harrington L. B., Burstein D., Chen J. S., Paez-Espino D., Ma E., Witte I. P., Cofsky J. C., Kyrpides N. C., Banfield J. F., Doudna J. A. 2018. Programmed DNA destruction by miniature CRISPR-Cas14 enzymes. Science, 362, 6416: 839-842
  22. Hill J. H. in Whitham S. A. 2014. Control of virus diseases in soybeans. V: Advances in virus research. Smith K. M. in Lauffer M. A. (ur.). New York, Academic Press, 90: 355-390
  23. Hull R. 2014. Replication of Plant Viruses. Plant virology, 341-421 International Commitee on Taxonomy of Viruses. 2012. Virus Taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth report of the international commitee on taxonomy of viruses.
  24. King A. M. Q., Adams M. J., Carstens E. B., Lefkowitz E. J. (ur.). San Diego, Elsevier Academic Press: 1-1327
  25. Ji X., Zhang H., Zhang Y., Wang Y., Gao C. 2015. Establishing CRISPR-Cas-like immune system conferring DNA viruses resistance in plants. Nature Plants, 1, 15144, doi: 10.1038/nplants.2015.144, 4 str.
  26. Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J. A., Charpentier E. 2012. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science, 337, 6096: 816-821
  27. Kalinina N. O., Khromov A., Love A. J., Taliansky M. E. 2020. CRIPSR applications in plant virology: Virus resistance and beyond. Phytopathology, 110, 1: 18-28
  28. Kaya H., Ishibashi K., Toki S. 2017. A split Staphylococcus aureus Cas9 as a compact genome- editing tool in plants. Plant Cell Physiology, 58: 643-649
  29. Khan M. Z., Haider S., Mansoor S., Amin I. 2019. Targreting plant ssDNA viruses with engineered miniature CRISPR-Cas14a. Trends in Biotechnology, 37, 8: 800-804
  30. Khromov A. V., Makhotenko A. V., Snigir E. V., Makarova S. S., Makarov V. V., Suprunova T. P., Miroshnichenko D., Kalinina N. O., Dolgov S., Taliansky M. E. 2018. Delivery of CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein complex to apical meristem cells for DNA-free editing of potato Solanum tuberosum genome. Biotekhnologiya (Biotechnology), 34, 6: 51-58
  31. Kis A., Hamar E., Tholt G., Bán R., Havelda Z. 2019. Creating highly efficient resistance against wheat dwarf virus in barley by employing CRISPR/Cas9 system. Plant Biotechnology Journal, 17, 6: 1004-1006
  32. Langner T., Kamoun S., Belhaj K. 2018. CRISPR crops: Plant genome editing towards disease resistance. Annual Review of Phytopathology, 56: 479-512
  33. Leopold P. L., Pfister K. K. 2006. Viral strategies for intracellular trafficking: motors and microtubules. Traffic. 7, 5: 516-523
  34. Lewsey M. G., Carr J. P. 2019. RNA Viruses: Plant Pathogenic. V: Encyclopedia of Microbiology. 4th ed. Schmidt T. M. (ur.). Academic Press: 178-193
  35. Ma H., Tu L. C., Naseri A., Huisman M., Zhang S., Grunwald D., Pederson T. 2016. Multiplexed labeling of genomic loci with dCas9 and engineered sgRNAs using CRISPRainbow. Nature Biotechnology, 34, 5: 528-530
  36. Ma J., Chen J., Wang M., Ren Y., Wang S., Lei C., Cheng Z. 2018. Disruption of OsSEC3A increases the content of salicylic acid and induces plant defense responses in rice. Journal of Experimental Botany, 69, 5: 1051-1064
  37. Makarova S. S., Khromov A. V., Spechenkova N. A., Taliansky M. E., Kalinina N. O. 2018. Application of the CRIPSR/Cas system for generation of pathogen resistant plants. Biochemistry, 83: 1552-1562
  38. Makhotenko A. V., Khromov A. V., Snigir E. A., Makarova S. S., Makarov V. V., Suprunova,T. P., Kalinina N. O., Taliansky M. E. 2019. Functional analysis of coilin in virus resistance and stress tolerance of potato Solanum tuberosum using CRISPR-Cas9 editing. Doklady Biochemistry Biophysics, 484, 1: 88-91
  39. Nagy P. D., Pogany J. 2012. The dependance of viral RNA replication on co-optedhost factors. Nature Reviews Microbiology, 10: 137-149
  40. Niehl A., Heinlein M. 2011. Cellular pathways for viral transport through plasmodesmata. Protoplasma, 248, 1: 75-99
  41. Bukvič, V. Uporaba metod preurejanja genoma za pridobitev odpornosti na viruse pri kmet. rastlinah Dipl. delo (UN). Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Študij biotehnologije, 2020
  42. Pattanayak V., Lin S., Guilinger J. P., Ma E., Doudna J.A., Liu D. R. 2013. Highthroughput profiling of off target DNA cleavage reveals RNAprogrammed Cas9 nuclease specificity, Nature Biotechnology, 31: 839-843
  43. Ran Y., Liang Z., Gao C. 2017. Current and future editing reagent delivery systems for plant genome editing. Science China Life Science, 60, 5: 490-505
  44. Roossinck M. J. 2008. Symbiosis, mutualism and symbiogenesis. Plant Virus Evolution. Springer Berlin Heidelberg: 157-164
  45. Roossinck M. J. 2011. The good viruses: viral mutualistic symbioses. Nature Reviews Microbiology, 9, 2: 99-108
  46. Sampson T. R., Saroj S. D., Llewellyn A. C., Tzeng Y. L., Weiss D. S. 2013. A CRISPR/Cas system mediates bacterial innate immune evasion and virulence. Nature, 497, 7448: 254-257
  47. Shafiq M., Qurashi F., Mushtaq S., Hussain M., Hameed A., Haider M. S. 2020. Chapter 13 - DNA plant viruses: biochemistry, replication, and molecular genetics. V: Applied plant virology. 1st ed. Awasthi L. P. (ur.) Academic press: 169-182
  48. Swiss Institute of Bioinformatics. 2020a. Apoptosis modulation. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1581 (25. avg. 2020)
  49. Swiss Institute of BioInformatics. 2020b. Autophagy modulation. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1596 (25. avg. 2020)
  50. Swiss Institute of Bioinformatics. 2020c. dsDNA bidirectional replication. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1939 (25. avg. 2020)
  51. Swiss Institute of Bioinformatics. 2020d. Negative-stranded RNA virus replication. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1917 (25. avg. 2020)
  52. Swiss Institute of Bioinformatics. 2020e. PKR: dsRNA and stress sensor. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1576 (25. avg. 2020)
  53. Swiss Institute of Bioinformatics. 2020f. Positive stranded RNA virus replication. ViralZone. https://viralzone.expasy.org/1116 (25. avg. 2020)
  54. Tashkandi M., Ali Z., Alijedaani F., Shami A., Mahfouz M. M. 2018. Engineering resistance against Tomato yellow leaf virus via the CRISPR/Cas9 system in tomato. Plant Signaling and Behavior, 13, 10, doi: 10.1080/15592324.2018.1525996: 7 str.
  55. Toyota C. G., Davis M. D., Cosman A. M., Hebert M. D. 2010. Coilin phosphorylation mediates interaction with SMN and SmB'. Chromosoma, 119, 2: 205-215
  56. Tripathi J. N., Ntui V. O., Ron M., Muiruri S. K., Britt A., Tripathi L. 2019. CRISPR/Cas9 editing of endogenous banana streak virus in the B genome of Musa spp. overcomes a major challenge in banana breeding. Communications Biology, 2, 46, doi: 10.1038/s42003-019- 0288-7: 11 str.
  57. Whitfield A. E., Falk B. W., Rotenberg D. 2015. Insect vector-mediated transmission of plant viruses. Virology, 479-480: 278-289
  58. Whittaker G. R., Kann M., Helenius A. 2000. Viral entry into the nucleus. Annual Review of Cell and Developmental Biology, 16: 627-651
  59. Bukvič, V. Uporaba metod preurejanja genoma za pridobitev odpornosti na viruse pri kmet. rastlinah Dipl. delo (UN). Ljubljana, Univ. v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Študij biotehnologije, 2020
  60. Xu H., Pillai R. S., Azzouz T. N., Shpargel K. B., Kambach C., Hebert M. D., Schümperli D., Matera A. G. 2005. The C-terminal domain of coilin interacts with Sm proteins and U snRNPs. Chromosoma, 114, 3: 155-166
  61. Yang X. 2015. Applications of CRISPR-Cas9 mediated genome engineering. Military Medical Research, 2, 11, doi: 10.1186/s40779-015-0038-1: 6 str.
  62. Yu O., Shi J., Hession A.O., Maxwell C.A., McGonigle B., Odell J.T. 2003. Metabolic engineering to increase isoflavone biosynthesis in soybean seed. Phytochemistry, 63, 7: 753- 763
  63. Zhan, X., Zhang, F., Zhong, Z., Chen, R., Wang, Y., Chang, L., Bock, R., Nie, B., Zhang, J. 2019. Generation of virus resistant potato plants by RNA genome targeting. Plant Biotechnology Journal, 17, 9: 1814-1822
  64. Zhang P., Du H., Wang J., Pu Y., Yan R., Yang H., Cheng H., Yu D. 2020. Multiplex CRISPR/Cas9-mediated metabolic engineering increases soya bean isoflavone content and resistance to soya bean mosaic virus. Plant Biotechnology Journal, 18, 6: 1384-1395
  65. Zhang T., Zhao Y., Ye J., Cao X., Xu C., Chen B., An H., Jiao Y., Zhang F., Yang X., Zhou G. 2019. Establishing CRISP/Cas13a immune system conferring RNA virus resistance in both dicot and monocot plants. Plant Biotechnology Journal, 17, 7: 1185-1187
  66. Zhang T., Zheng Q., Yi X., An H., Zhao Y., Ma, S., Zhou G. 2018. Establishing RNA virus resistance in plants by harnessing CRISPR immune system. Plant Biotechnology Journal, 16, 8: 1451-1423
  67. Zhao Y., Yang X., Zhou G., Zhang T. 2020 Engineering plant virus resistance: from RNA silencing to genome editing strategies. Plant Biotechnology Journal, 18, 2: 328-336

Related papers

Sensitivity of yeasts for antimicotics isolated from control specimens in years 1992-2005
Mitja Rot

2020

Preglednica 13: Primerjava MIK testiranih antimikotikov pri izolatih C. albicans osamljenih pri bolnikih z in brez profilaktičnega zdravljenja Preglednica 14: Primerjava MIK testiranih antimikotikov pri izolatih C. glabrata osamljenih pri bolnikih, z in brez profilaktičnega zdravljenja

View PDFchevron_right
Applications of fungal enzymes to clean the environment
Kaja Belko Parkel

2017

Eden večjih okoljskih problemov danes je onesnaženje s strupenimi kemikalijami, ki predstavljajo resno tveganje za okolje in ljudi. To je vidno tudi iz zadnjih okoljskih nesreč v Sloveniji. Določene vrste gliv, predvsem glive bele trohnobe, so zaradi nespecifičnosti zunajceličnih encimov (lakaze, lignin peroksidaze, od mangana odvisne peroksidaze) privlačne za uporabo pri razgradnji onesnažil, prisotnih v okolju. Čiščenje oz. vračanje okolja v prvotno stanje z uporabo gliv oz. njihovih encimov imenujemo mikoremediacija. Glive so sposobne razgradnje onesnažil, kot so policiklični aromatski ogljikovodiki, polietilen, nafta in naftni proizvodi, različni insekticidi, poliklorirani bifenili in drugi. Razgradnjo omogoča podobnost med strukturo lignina in strukturo teh onesnažil. Glivne encime lahko uporabimo v bioreaktorju ali pa v procesu bioaugmentacije ali biostimulacije.One of the main environmental problems today is the pollution of the environment caused by toxic chemicals, which po...

View PDFchevron_right
High Infection Pressure of Esfy Phytoplasma Threatens the Cultivation of Stone Fruit Species
Jernej Brzin

Journal of Central European Agriculture, 2008

Stone fruit species are affected by severe disease caused by European stone fruit yellows phytoplasma (ESFY; 'Candidatus Phytoplasma prunorum'). ESFY phytoplasma is transmitted to the host plants of Prunus spp. by the vector Cacopsylla pruni. The disease is graft-transmissible as well. The occurence of ESFY phytoplasma was monitored from 2004 to 2006 in a mother plant orchard of stone fruit species planted with virus free material in 2001 in the Primorska region of Slovenia. The total of 158 samples of mother plants were analysed in this period. The symptomatic and asymptomatic trees were analysed using molecular methods (PCR or nested-PCR). Among 15.7 % of sampled apricot trees (Prunus armeniaca) in the orchard, ESFY phytoplasma was detected in 70.0 % of samples. In the case of Japanese plum (Prunus salicina) samples were taken from one third of all Japanese plum trees and the presence of ESFY phytoplasma was confi rmed in all samples. In the European plum trees (Prunus domestica) the incidence of phytoplasma was determined in 51.0 % of sampled trees, where the plants in most cases did not show symptoms. ESFY phytoplasma was also detected in peaches and nectarines (Prunus persica) in 13.0 % of sampled trees while no detection of the phytoplasma was confi rmed in the samples of cherry trees (Prunus avium). With the survey performed in a mother plant orchard it was observed that especially young trees did not show typical symptoms and the infection was latent. In the year 2005, ESFY phytoplasma was detected in all tested samples of the vector Cacopsylla pruni captured in the vicinity of the mother plant orchard.

View PDFchevron_right
Multipurpose applications of truffles as organisms
Tine Grebenc

2014

Gomoljike, širše znane kot »tartufi«, so trosnjaki ektomikoriznih gliv, ki jih najdemo v številnih gozdnih in grmovnih ekosistemih zmernih podnebij. Kot ektomikorizne glive uspevajo (rastejo in tvorijo trosnjake) v obveznem sožitju z večletnimi, pretežno lesnatimi rastlinami (Kirk in sod. 2008). Gomoljike poznamo pretežno iz gastronomije, kjer jih zaradi značilne arome uporabljamo kot začimbo ali dodatek k jedem (Talou in sod. 1987). Gomoljike kot celoten organizem pa lahko uporabimo tudi v druge namene. V predstavitvi želimo prikazati nekaj načinov, kako lahko gomoljike na osnovi poznavanja njihove biologije in vpetosti v ekosisteme uporabimo kot orodje za doseganje različnih okoljskih (ekosistemskih), socialnih in ekonomskih ciljev. Pripravili smo kratek vsebinski pregled možnosti uporabe, ki so v tujini že vpeljane prakse, a jih v Sloveniji malo oziroma sploh ne uporabljamo, ter možnosti, ki jih razvijamo skupaj s partnerji iz tujine in vključujejo gomoljike kot objekt analiz ali vir informacij. Gomoljike spadajo med askomicetne glive in rastejo v sožitju s številnimi drevesnimi in grmovnimi vrstami, povezave med njimi pa so znane in opisane (Agerer 1987(Agerer -2008)). Manj pa je znanega o interakcijah, v katere vstopajo gomoljike z drugimi skupinami organizmov. Med drugim je bilo ugotovljeno, da se na površini določenih vrst gomoljik pojavljajo specifične populacije bakterij (Marjanović in sod., 2008; Antony--Babu in sod. 2013). Gomoljike so vir hrane za številne živali (divje svinje, divjad, glodavce, veverice, …). Pri nekaterih skupinah žuželk, živečih v tleh, pa imajo tudi pomembno vlogo v procesu razmnoževanja (Grebenc in sod. 2010). V kmetijskih ali kmetijsko-gozdarskih praksah so se gomoljike pojavile v prvih poskusih gojenja pred sto in več leti. Tako prakso gojenja so v večji meri začeli v 70-ih letih prejšnjega stoletja v Franciji (Chevalier in Frochot 2002), danes pa so uspešne plantaže osnovane že v več evropskih državah, v Avstraliji, ZDA, Čilu in drugje (Hall in sod. 2003). Tudi v Sloveniji je nekaj

View PDFchevron_right
Morfološki razvoj ter spreminjanje količine in kakovosti pridelka mnogocvetne ljuljke (Lolium multiflorum Lam.)
Primoz Kopac

2019

TI MORPHOLOGICAL DEVELOPMENT AND CHANGES OF THE QUANTITY AND QUALITY OF ITALIAN RYEGRASS (Lolium multiflorum Lam.) YIELD DT M. Sc. Thesis (Master Study Programmes) NO XI, 43 p., 2 tab., 20 fig., 2 ann., 52 ref. LA sl Al sl/en Kopač P. Morfološki razvoj ter spreminjanje količine in kakovosti pridelka … (Lolium multiflorum Lam.).

View PDFchevron_right

Related topics

  • Viral Resistance
    • 580 California St., Suite 400
    San Francisco, CA, 94104
    © 2025 Academia. All rights reserved